Hallo Susanne,
ich arbeite nunmehr schon seit Jahren mit Lexware. Aus diesem Grunde habe ich mir bereits nach 2 Monaten angewöhnt, Belegdatum nicht gleich Rechnungsdruckdatum zu setzen, sondern einen Eingangsstempel der Buchhaltung draufzuknallen und dieses Datum als Belegdatum zu nehmen. Damit war das Problem ein für alle Male behoben. Und es hat auch noch kein Betriiebsprüfer beanstandet.
Das Abschalten der Warnung hingegen beseitigt das Problem nicht; die Differenzen wandern alle in die Umsatzsteuer-Jahreserklärung. Und da weckst Du mit hohen Nachzahlungen schlafende Hunde, die Dich dann gerne als Kandidaten für eine Umsatzsteuer-Sonderprüfung auswählen. 
Gruß
Rainer