das ist leicht zu beantworten: weil es faktura+auftrag ist. Dort kannst Du die Aufträge an den buchhalter übergeben. Die Zahlungen und Verwaltung von Ops ist aber keine Aufgabe der faktura+auftrag sondern gehört in eine Buchhaltungssoftware.
Die Möglichkeit Zahlungseingänge in f+a zu erfassen ist eine Hilfe, so dass Du in der Übersicht sehen kannst was ggf. noch zu bezahlen ist. Das Programm übernimmt aber keine Buchhaltungsfunktion.
Der reguläre Ablauf:
Rechnung erstellen
über Schnittstelle an die Buchhaltung übergeben
Zahlungen und Offene Posten im Buchhaltungsprogramm buchhalterisch verwalten
in faktura ggf. der schnellen Übersicht wegen Zahlungseingänge ebenfalls eintragen